EBSD系统必须进行校准才可以正常工作。

通常需要校准的参数是样品到荧光屏的距离和荧光屏上花样中心（花样中心是电子束轰击在样品上的点，在荧光屏上的垂直投影点的位置）。

有多种方法可以用于校准EBSD系统。首选的方法是，在不同的工作距离（WD），或探头处于不同的插入位置上，收集样品上同一点的衍射花样。利用图像的相关性，可以确定在不同的几何状态下的花样中心，测量图像之间的缩放因子，从而计算探测器到样品的距离（DD）。

在现代化的EBSD系统中，整个校准过程是自动完成的。在不同的几何状态下采集花样，生成校准参数。从而在任何几何条件下使用EBSD系统，都在校准状态。

通过关联探测器在不同位置时的电子背散射衍射花样（EBSP）的特征，来确定花样中心。花样中心在探测器位置移动时位置不变，并且是背散射衍射花样的缩放点。